Se declaró agnóstico, coincidiendo con el positivismo, rozando a su vez la filosofía materialista. Se mostró cercano y simpatizante del socialismo. Sus pensamientos fueron volcados en un conjunto de obras que se denominaron “Los infinitos”, siendo la más conocida “Mi Credo” publicada en el año 1906.
En este trabajo demostró que su único interés radicaba en la búsqueda de la verdad, aunque en ocasiones ésta no lo favoreciera. Así lo atestiguó en esta maravillosa idea expresada en la siguiente cita, que encierra la esencia de su pensamiento como investigador infatigable.
“Cambiaré de opinión tantas veces y tan a menudo como adquiera conocimientos nuevos, el día que me aperciba que mi cerebro ha dejado de ser apto para esos cambios, dejaré de trabajar. Compadezco de todo corazón a todos los que después de haber adquirido y expresado una opinión, no pueden abandonarla nunca más”.
En el año 1899 colaboró con una publicación platense llamada La Pirámide, donde aparecieron sus tres famosos ensayos sobre “Los infinitos”. Su concepción del universo se fundamentaba en la existencia de cuatro infinitos:
El infinito espacio, ocupado por el infinito materia, en infinito movimiento, en sucesión del infinito tiempo Dijo entonces Ameghino:
“La materia es la sustancia palpable que llena el universo…no tuvo principio ni tendrá fin. Defino pues al cosmos como el conjunto de cuatro infinitos: el infinito espacio ocupado por el infinito materia, en infinito movimiento, en la sucesión del infinito tiempo…”
Afirmó que el hombre finalmente controlaría el proceso evolutivo, diferenciándose en este punto de Darwin, ya que como positivista creía en el progreso.
A lo largo de su vida se mostró sumamente crítico para con la iglesia, y a su vez ésta lo declaró su enemigo. De hecho, congregaciones católicas platenses impidieron que en 1920 se erigiera un monumento en su honor en la plazoleta ubicada en Diagonal 80 entre las calles 5 y 48, frente a la iglesia de San Ponciano. En su lugar, se colocó un reloj, que hoy ha sido reemplazado por una fuente de agua.
Para graficar el sentimiento de los sectores más conservadores para con Ameghino transcribimos esta apropiada reseña sobre el sabio.
“…En los años de la Primera Guerra Mundial, y sobre todo en las publicaciones del Partido Socialista o en las de sus afiliados, Ameghino apareció como un paladín de la lucha contra el oscurantismo de la Iglesia católica.
En este contexto surgió el ameghinismo como doctrina, en la que los científicos de fines del siglo XIX fueron combinados libremente, en oposiciones tales como ciencia-religión; evolucionismo – antievolucionismo; libertad creadora – connivencia con el Estado”.
En un proyecto que propendía a la laicización progresiva del país, la divulgación de la palabra científica, unida al establecimiento de la liturgia escolar nacional se veía como parte de la consolidación de la cultura argentina”. Así la llamada “santidad laica de Ameghino se inscribe en este marco. La Iglesia Católica por su parte, atacaba estas construcciones simbólicas del Partido Socialista y a las agrupaciones tales como las de librepensamiento.
La oposición a los símbolos de la cultura laica y la resistencia a admitir a Ameghino como símbolo, hizo que el sector católico transformara al sabio en un ejemplo de la capacidad de mistificación y fetichismo de los socialistas.
Como parte de esta reacción, el objetivo de derribar a Ameghino llevó a negar su obra en un todo y a buscar en la tradición de la ciencia argentina otros símbolos que pudieran combatirlo, tales como la figura del Perito Moreno” su Némesis en la vida real.
“Así, la enemistad Ameghino – Moreno se revivió póstumamente”.
Respecto a su vida y filiación masónica, Alcibíades Lappas se ha encargado a través de su trabajo La Masonería Argentina a través de sus hombres, de rescatar este aspecto de la vida de Ameghino. Se cree que fue iniciado en la logia Lujan,
pero si contrario existen registros de su presencia en la logia Lumen Nº 200 de la localidad de Moreno, Buenos Aires.
Durante su permanencia en nuestra ciudad, participó activamente de la logia La Plata Nº 80. Para la masonería argentina no sólo fue un sabio, sino uno de los más destacados hombres de ciencias que pasaron por la Institución.
Nos hemos referido a la enemistad que tuvo con el perito Moreno, y curiosamente, Lappas mencionó en su libro, que en 1920 el proyecto de construcción del monumento en homenaje de Ameghino fue promovido justamente por Francisco Pascasio Moreno.
Hombre de fuertes convicciones y vida austera, ya viudo, Ameghino enfermó de diabetes y se negó sistemáticamente a ser intervenido, por lo que falleció el 6 de agosto de 1911 en nuestra ciudad.
A su sepelio no asistieron representantes del estado nacional ni provincial, pero si lo hicieron los miembros de las sociedades científicas.
En dicha ocasión hicieron uso de la palabra eminentes personalidades y masones de la época como Eduardo Ladislado Holmberg, J.B. Ambrosetti; Víctor Mercante y José Ingenieros.
Fue sepultado en el Panteón de los Maestros, hasta que en el año 1980 a instancias del entonces Venerable Maestro de la logia La Plata Nº 80, Ernesto Valsecchi, su tumba en el actual emplazamiento, fue declarada Monumento Histórico Nacional.
A modo de epitafio el ilustre masón José Ingenieros, dijo de Ameghino estas bellas palabras:
“Su pupila supo ver en la noche antes que amaneciera para todos”